上呼吸道病毒現形高手:利用深度學習模型來建立上呼吸道病毒序列基因型即時分析平台

2020-11-23

上呼吸道感染為台灣常見疾病,而急性呼吸道感染對兒童及嬰幼兒影響更為嚴重,呼吸道感染的症狀大多類似感冒,重則造成器官的衰竭甚至導致死亡;已知造成上呼吸道感染的致病原中,病毒占約九成五以上,如腸病毒、流感、類流感等。現今基因定序檢測技術的飛躍進步,檢測所需時間和成本皆大幅降低,以NGS技術配合高敏感度的病毒序列分類模型分析,將可快速辨別採樣檢體是否為與重症相關的病毒株,進而提供相應治療。

 

上呼吸道病毒現形高手 – 可迅速鑑定病毒型別、定期更新的資料庫、友善容易使用的平台界面

 

  1. 上呼吸道致病原線上智慧分類平台,結合第三代高通量低單價之定序儀(Nanopore SidgIon/ Flongle/ Minion),可應用於在上呼吸道病毒感染初期(約三到五天內), 一次性針對187種可能引發上呼吸道病症的病毒進行鑑別,便能及早發現所感染的病毒類型。
  2. 中央研究院資訊科學研究所與國家衛生研究院群體健康科學研究所共同合作,基於豐富的病毒序列型別分類經驗,對巨量資料進行雜訊清洗,有效保證深度模型訓練所使用初始資料的正確性。
  3. 透過多層次高維度的分類模型與向量運算,細化病毒屬別、種別,及至於亞型別,準確鑑別出檢體所帶的病毒品系。

 

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